Όργανα Διοίκησης της Οδοντιατρικής Σχολής είναι η Συνέλευση, το Διοικητικό Συμβούλιο και ο Πρόεδρος της Σχολής. Ο Πρόεδρος, ο Αντιπρόεδρος και οι Διευθυντές Τομέων εκλέγονται με τριετή θητεία, ενώ και όλοι οι εκπρόσωποι στη Συνέλευση, με ετήσια θητεία.

Η Συνέλευση απαρτίζεται από: 

• Τον Πρόεδρο της Σχολής,  Καθηγητή Νικόλαο Νικητάκη (εκλογές 2025)
• Τoν Αντιπρόεδρο της Σχολής, Καθηγητή Νικόλαο Κερεζούδη (εκλογές 2025)
• Τους Διευθυντές των Τομέων 
  • Κοινωνικής Οδοντιατρικής, Βασίλειο Παπαϊωάννου, Καθηγητή
  • Οδοντικής Παθολογίας & Θεραπευτικής, Ιωάννη Καρούση, Καθηγητή
  • Προσθετολογίας, Αναστασία Κοσιώνη, Καθηγήτρια
  • Παθολογίας & Χειρουργικής Στόματος, Χρήστο Περισανίδη, Καθηγητής
  • Βασικών Επιστημών & Βιολογίας Στόματος, Σπυρίδωνα Ζηνέλη Καθηγητή
• Τους εκπρόσωπους των μελών Δ.Ε.Π. των Τομέων
• Έναν εκπρόσωπο από τα μέλη  Ε.Τ.Ε.Π
• Τους εκπρόσωπους των Φοιτητών του  Προπτυχιακού Προγράμματος, του Μεταπτυχιακού Προγράμματος & των Υποψηφίων Διδακτόρων

Για την ομαλή λειτουργία καθώς και για τη μελέτη ή διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων της αρμοδιότητας της Σχολής έχουν συγκροτηθεί οι  παρακάτω Επιτροπές Διοίκησης