Η οδοντιατρική επιστήμη, ως δυναμικά εξελισσόμενη μέσα στον ιατροβιολογικό χώρο, έχει ένα ευρύ ερευνητικό πεδίο τόσο βασικής όσο κυρίως εφαρμοσμένης έρευνας. Στην Οδοντιατρική Σχολή του ΕΚΠΑ, εκπονείται ένα μεγάλο μέρος της οδοντιατρικής έρευνας, στην Ελλάδα Η έρευνα αυτή πραγματοποιείται από το διδακτικό και ερευνητικό προσωπικό (ΔΕΠ) της Σχολής, τους μεταπτυχιακούς φοιτητές του πρώτου κύκλου σπουδών, τους υποψήφιους διδάκτορες, καθώς και ένα σημαντικό αριθμό εξωτερικών συνεργατών.
Εργαστηριακή έρευνα υλοποιείται στο Εργαστήριο Βιοϋλικών, στο Ιστοπαθολογικό, στο Μικροβιολογικό Εργαστήριο, στο Εργαστήριο Βιολογίας καθώς και σε αυτό Κυτταροκαλλιεργειών. Επίσης, σε ερευνητικά κέντρα και ινστιτούτα του ελληνικού χώρου (ΕΜΠ, ΕΚΕΒΥΛ, Ιατρική Σχολή κλπ) καθώς και του εξωτερικού, μέσα από συνεργασίες που έχουν αναπτυχθεί.
Εκτός των εργαστηριακών, πραγματοποιούνται και κλινικές έρευνες, στηριζόμενες κυρίως στους ασθενείς που θεραπεύονται στις διάφορες κλινικές της Σχολής. Προς τούτο, έχει συσταθεί στη Σχολή η Επιτροπή Έρευνας και η Επιτροπή Δεοντολογίας Έρευνας, στην οποία υποβάλλονται προς έγκριση όλα τα ερευνητικά πρωτόκολλα που περιλαμβάνουν ασθενείς. Απαραίτητη προϋπόθεση για να πραγματοποιηθεί οποιαδήποτε μορφή έρευνας σε ασθενή είναι η έγγραφη προς τούτο συγκατάθεση του ίδιου.
Στην έρευνα που διεξάγεται στην Οδοντιατρική Σχολή συμμετέχουν και Μεταδιδακτορικοί Ερευνητές.